JQH (Jam’iyyatul Qurra’ wal Huffadz)
Wadah pembinaan mahasiswa UNISSULA dalam mendalami seni baca Al-Qur’an (tilawah), hafalan (tahfidz), serta kajian pemahaman Al-Qur’an guna mewujudkan generasi Khaira Ummah.
LKM-SA (Lembaga Kajian Mahasiswa Sultan Agung)
Organisasi kemahasiswaan yang berfokus pada kajian keislaman intelektual, pemikiran kontemporer, dan dakwah akademis kampus.
FSA An-Nisa (Forum Silaturahmi An-Nisa)
Wadah pemberdayaan, diskusi, dan pembinaan karakter kemuslimahan khusus bagi mahasiswi di lingkungan kampus UNISSULA.
Firdaus Choir UNISSULA
Paduan Suara Mahasiswa (PSM) resmi UNISSULA yang menampung bakat olah vokal, aktif mengisi upacara resmi universitas, serta berprestasi di kancah nasional maupun internasional.
KSB Es-A (Kelompok Seni Budaya Sultan Agung)
Wadah kreativitas mahasiswa dalam bidang seni pertunjukan, teater, musik, tari tradisional, serta pelestarian seni kebudayaan nusantara.
SAEC (Sultan Agung English Club)
Unit kegiatan mahasiswa yang menjadi pusat pengembangan kemampuan berbahasa Inggris, debat, *public speaking*, dan persiapan kompetisi global.
Mapala Argajaladri
Organisasi pecinta alam tingkat universitas yang melatih ketahanan fisik, mental, kepedulian lingkungan hidup, serta aksi tanggap bencana alam.
KSR PMI Unit UNISSULA
Korps Sukarela Palang Merah Indonesia yang melatih mahasiswa di bidang pertolongan pertama, kesiapsiagaan bencana, dan aksi kemanusiaan/donor darah.
Menwa (Resimen Mahasiswa) Batalyon 925
Wadah pembentukan disiplin, jiwa patriotisme, bela negara, dan pelatihan kepemimpinan semi-militer mahasiswa UNISSULA.
UBC (Unissula Badminton Club)
Wadah penyaluran bakat, pembinaan fisik, serta pelatihan rutin untuk mahasiswa peminat olahraga bulu tangkis guna mendulang prestasi.
UKM Forsa (Futsal & Sepakbola)
Unit kegiatan mahasiswa yang mengoordinasikan latihan serta kompetisi internal maupun eksternal di bidang futsal dan sepak bola.
UKM Tarung Derajat & Taekwondo UNISSULA
Pusat pelatihan seni bela diri praktis dan prestasi yang aktif mencetak atlet mahasiswa untuk kejuaraan antar perguruan tinggi.